Život Žofie bol poznamenaný častými zmenami bydliska, keďže jej otec bol v diplomatických službách monarchie. Pochádzala z významného českého šľachtického rodu.
Keď mala Žofia osemnásť, zomrela jej matka. Potom ako sa jej povydávali staršie sestry, zostala žiť so svojím otcom a mladšími sestrami. No čoskoro aj ona musela opustiť teplo rodinného krbu.
Keď mala Žofia 20 rokov, povolal ju cisár za dvornú dámu arcivojvodkyne Izabely, ženy rakúskeho arcivojvodu Fridricha. Ten sídlil v bývalom Grasalkovičovom paláci v Bratislave.
Bola to nevyhnutnosť, ak chcela mladá grófka uniknúť z prostredia, v ktorom sa jej otec s mladšími sestrami topil v dlhoch. Žofia bola priveľmi múdra, vtipná a príťažlivá.
František Ferdinand bol v Bratislave, vo Fridrichovej rodine častým a zvlášť vítaným návštevníkom. Arcivojvoda mal šesť dcér, z ktorých najstaršia už bola súca na vydaj. Prípadné spojenie arcivojvodskej rodiny s rodinou následníka trónu bolo najmä pre arcivojvodkyňu Izabelu dávnym snom.
František Ferdinand sa však zaľúbil do najmladšej dvornej dámy z Grasalkovičovho paláca. Nik netušil, že sa vyvolenou jeho srdca stala Žofia Chotková.
Tajomstvo svojej lásky si zamilovaný pár uchovával dlhých 8 rokov, veď komu by mohlo zísť na um, že vysokourodzený potomok cisárskej rodiny sa zamiluje do obyčajnej a, navyše, chudobnej grófskej dcéry.
Ferdinand vedel, že legalizácia vzťahu k milovanej žene nebude ľahká a svojej Sofi napísal: „Keď má našinec niekoho rád, vždy sa nájde v rodokmeni nejaká maličkosť, zakazujúca manželstvo, a tak sa stane, že u nás sú muž a žena navzájom dvadsaťkrát príbuzní. Výsledkom je, že polovica detí sú hlupáci a idioti."
Škandál sa prevalil, keď arcivojvodkyňa Izabela našla zabudnuté Ferdinandove hodinky v ktoromsi budoári. Otvorila viečko, a tu sa na jeho vnútornej strane objavil miniatúrny portrét nežnej Žofie - jej dvornej dámy.
Izabelu zachvátila hystéria a Žofia musela ihneď opustiť Grasalkovičov palác. Keď sa cisár František Jozef I. vo Viedni dozvedel o škandále druhého muža monarchie, domnieval sa, že ide len o bežné milostné dobrodružstvo.
Tridsaťročný Ferdinand d'Este to však myslel vážne a s nemalými obavami mu oznámil, že si Žofiu chce vziať. Cisár vyslovil s takouto ženbou svojho následníka ostrý nesúhlas. Zdalo sa, že dojímavej láske je koniec.
Ferdinand od tejto chvíle nemal na dvore ľahký život. Všetci boli proti nemu - rodina, štátni aj cirkevní hodnostári, dokonca aj cisárovná Alžbeta Bavorská, zvaná Sisi. Ale on sa nemienil vzdať milovanej Sofi ani po cisárovej hrozbe, že ho pozbaví následníctva a cisársky trón odovzdá jeho mladšiemu bratovi Ottovi - bezzásadovému ľahtikárovi a pijanovi.
Oporu našiel iba u jedinej spriaznenej duši, u svojej macochy, arcivojvodkyne Márie Terézie. Na jar roku 1900 píše nešťastný, ale neoblomný Ferdinand cisárovi: „V tiesni a strastiplnej situácii, v ktorej sa už dlho nachádzam, obraciam sa ešte raz na otcovské srdce Vášho Veličenstva s najvrúcnejšou prosbou..."
Cisár neochotne, až po veľkom prehováraní cárom Mikulášom II. a nemeckým cisárom napokon súhlasil s nerovným manželstvom následníka trónu, ale za tvrdých podmienok. Vo viedenskom Hofburgu sa 28. júna 1900 za účasti celej dvorskej suity, biskupov a kardinálov konala slávnostná prísaha, ktorou sa následník trónu zaviazal na všetky časy, že jeho „pani manželka a deti, ktoré by Božím požehnaním z manželstva vzišli, ani ich potomci si nemôžu robiť nároky na práva, pocty, tituly, erby, výhody et cetera, ktoré náležia rovnorodým manželkám a deťom pochádzajúcim z rovnorodých manželstiev".
Ferdinand po skončení obradu Žofii napísal: „Sofi, Sofi, bolo to hrozné, ale pre Teba urobím všetko... Večne, večne Tvoj šťastný oddaný a Teba na rukách nosiaci Franci."
Svadba sa konala o tri dni po prísahe na zámku Zákupy v Čechách. Ženích mal uniformu generála jazdectva, nevesta snehobiele atlasové šaty a vo vlasoch sa jej trblietal briliantový diadém. Zo ženíchovej habsbursko-lotrinskej vetvy sa na obradoch zúčastnila len arcivojvodkyňa Mária Terézia s dcérami a z nevestinej strany Žofiine sestry a brat.
Počas svadobnej hostiny doručili novomanželom telegram, v ktorom cisár František Jozef I. oznamoval, že grófke Žofii Chotkovej udeľuje titul vojvodkyne s právom na oslovenie kniežacia milosť.
Rodina Habsburgovcov sa ani po svadbe nezmierila s týmto vyvzdorovaným manželstvom. Intrigy a ohovárania strpčovali manželom život a Žofia zažívala rôzne ponižovania.
Na oficiálnej úrovni nesmela stáť po boku svojho manžela, dokonca ani v divadle nemohla sedieť vedľa neho, musel ju sprevádzať niektorý jej príbuzný. Život podľa regulí skostnateného cisárskeho dvora bol najmä pre Žofiu deprimujúci, ale v privátnom rodinnom prostredí takmer idylický.
Mnohí znalci pomerov viedenského dvora sa zhodovali v tom, že manželstvo Ferdinanda a Sofie bolo krásne a vzhľadom na obvyklé politické manželstvá cisársko-kráľovskej dynastie nezvyčajne šťastné. Žofia svojou pokojnou povahou pôsobila blahodarne na svojho cholerického muža, bola mu radcom v zložitých politických otázkach aj neoceniteľným priateľom.
Ferdinand o nej hovorieval: „Je pre mňa všetkým, zázemím, celým mojím životom." Narodili sa im tri deti: Sofia Mária, Maximilián Karol a Ernest Alfonz.
Starší syn Max sa podal na otca. Bol vlastencom, nenávidel násilie a svoje rozhorčenie nad nespravodlivosťou dával rázne najavo. Po vyhlásení anšlusu Rakúska Maximilián rozbil v istej reštaurácii sklenú vitrínu a vyhodil na ulicu Hitlerov portrét. Vo vyhladzovacom tábore v Dachau, kam ho Nemci eskortovali aj s bratom Ernestom, prežil peklo. Sofia Mária bola podobná matke povahou aj príťažlivým fyzickým zjavom. Prežila bratov aj monarchiu. Umrela v Nemecku roku 1990.
Následník trónu František Ferdinand sa v politike prejavoval ako reformátor. Bol zástancom mieru, nechcel Rakúsko vtiahnuť do vojny a neživotaschopné mocnárstvo pomýšľal zmeniť na federálny štátny útvar, v ktorom by mali národy rovnaké práva. Rakúsko-uhorské vyrovnanie v roku 1867 považoval za nešťastie a samotných Maďarov nemal rád pre ich egoistické správanie a utláčanie slovanských národov v Uhorsku.
Maďarská šľachta ho nenávidela. Keď sa Ferdinad liečil z ťažkej choroby, maďarské noviny šokujúco napísali, že maďarský národ by bol nadšený z jeho smrti. Ferdinand na to nikdy nezabudol. Žiaľ, jeho politické ambície a šťastný rodinný život skončil atentát, paradoxne z rúk Slovanov. Z rúk tých, pre ktorých plánoval slobodnejšiu existenciu.