Už niekoľko mesiacov pred smrťou trpela panovníčka na vysoký krvný tlak a pľúcnu nepriechodnosť s emfyzémom, čo je chorobné zhromažďovanie vzduchu v tkanivách. 8. novembra prechladla na love bažantov a 29. novembra 1780 zomrela. Pitva ukázala, že jej nefungovala jedna časť pľúc. Pochovali ju rovnako ako jej manžela a vychovávateľku Karolínu von Fuchsovú – Mollardovú v rodinnej kapucínskej krypte.
Po celom Rakúsku sa konali na jej počesť bohoslužby a dokonca aj jej celoživotný nepriateľ Fridrich II. jej vzdal česť. Okrem Sliezska po sebe zanechala neporušené Rakúsko z doby vlády jej otca. Zanechala tiež sedem potomkov na siedmich európskych trónoch.
Bratislava nabrala na spoločenskom význame aj vďaka zásahom panovníčky Márie Terézie, ktorá tu strávila istý čas. Vďaka jej častým návštevám sa v Bratislave budovali nové domy, paláce Pálffyovcov a ďalšie sídla šľachticov v Starom Meste.
Na predmestí sa budovali aj domy remeselníkov a vinohradníkov. Neregulovaná výstavba, ktorá prebiehala v minulých rokoch, bolo zastavená a výstavba nových objektov bola riadená stavebnou kanceláriou Uhorskej komory, ktorá mala na starosti prípravu a realizáciu stavebných projektov. Veľa stavieb a rôznych iných stavebných úprav prebehlo aj pod vedením architektov cisárskeho dvora, ktorými boli napríklad G.B. Martinelli a F.A. Hildebrandt. Mestské opevnenie veľmi brzdilo rozvoj mesta, a tak vydala Mária Terézia v roku 1775 nariadenie hradby zbúrať.
Mária Terézia sa zamerala aj na Bratislavský hrad, ktorý nechala kompletne zrekonštruovať. Založila tu dokonca kráľovskú gardu. V hradnom areáli nechala vybudovať ďalšie budovy aj veľkú barokovú záhradu francúzskeho typu. Celkovo sa zvýraznila obytná funkcia hradu. V roku 1766 dala pristavať k východnému krídlu rokokový palác Tereziánum pre miestodržiteľa, ktorým bol takmer celý život Albert Sasko-Tešínsky, manžel obľúbenej dcéry Márie Terézie Márie Kristíny.
Mária Terézia Bratislavu často a rada navštevovala. V roku 1766 navštívila aj záhradu Grasalkovičovho paláca, kde sa konala svadobná hostina jej najobľúbenejšej dcéry Márie Kristíny.
Na jej príkaz zriadil v roku 1750 Ján Michal Landerer v Bratislave najväčší tlačiarenský podnik v Uhorsku, ktorý vydával Bratislavské noviny až do roku 1854.